Bonjour,  
 
Alors tout est dans le titre: j'ai crée un programme en JAVA permettant la synchronisation de documents, et j'aimerais réaliser une interface graphique en HTML5. Seulement je ne sais pas quels outils choisir pour "générer" la page HTML.  
 
Je devrais utiliser JQuery et d'autres API pour le javascript, et probablement Ajax, mais la où je bloque c'est comment binder les icônes et options sur le site HTML 5 avec une classe JAVA, dans l'autre sens aussi (comment lier un évènement à une classe java pour que cela change quelque chose sur la page web). J'ai commencé à attaquer le problème avec tomcat et les jsp mais je me rend compte que ça ne suffira pas.  
 
Je précise que je suis débutant dans la programmation WEB. Votre aide est la bienvenue, j'ai l'impression de tourner en rond depuis hier...

C'est confus, tu devrais vraiment reprendre les bases, on l'impression que tu confonds tout et que tu ne sais pas à quoi servent les différentes parties de ton appli.
 
Pour répondre plus spécifiquement, communication browser => ton appli, les requêtes arrivent sur tes servlets, donc méthodes doGet et doPost si tu n'utilise rien d'autre que des servlets.
 
Communication ton appli => browser, si c'est en réponse à une requête, c'est à ta servlet de faire le boulot et de générer la page à partir de tes JSP. Si c'est à l'initiative du serveur, je pense que tu te trompes de voie, c'est néanmoins possible avec les websockets sur les browsers récents.

Oui je crois bien que je mélange tout, je n'est presque jamais fait de programmation web dynamique, je vais reprendre des tuto bien complet pour démarrer avec HTML5 et javascript (mais merci pour ta patience  )
 
 

Il y aura certains évènements qui seront envoyé spontanément par le serveur. (Lorsqu'un fichier a été synchronisé par exemple, une alerte sera affiché sur le site web).  Tu veux dire que je me trompe de voie de vouloir faire une communication serveur->browser sans que cette communication soit une réponse à une requête envoyé par le browser ?

Ce qu'il te manque surtout, c'est la stack web en Java, le JS tu t'en préoccupera une fois que le reste sera d'aplomb. Sans plus de contexte sur tes outils, contraintes, expérience et connaissances, difficile de t'en dire plus, tu peux toujours commencer par le tuto Java-EE 6 : http://docs.oracle.com/javaee/6/tutorial/doc/
 
Ceci dit, si la contrainte est juste de faire du web en Java, par plutôt sur un framework léger, type Play!.
 

 
Oui et non. A la base HTTP n'est pas fait pour ça, mais comme évoqué plus haut, des solutions JS existent pour obtenir ce comportement.