valeurs plus grande que

Marsh Posté le 11-03-2016 à 16:31:21

Bonjour,

J'ai ecrit un script que voila:

Code :

#!/bin/bash
cat values_EU_2L_1.csv | while IFS=',' read t r m
do
./ms 12 100 -t ${t} -eN 0.022 0.72 -eN 0.15 0.06 -eN 0.18 0.59 -r ${r} 1000 | ./sample_stats | cut -f 4 | > Outputemp_S_A_EU.csv
cat Outputemp_S_A_EU.csv | if $m > Outputemp_S_A_EU.csv
echo "nombre de valeurs" >> Output_S_A_EU.csv
rm Outputemp_S_A_EU.csv
done

Ce script lit le fichier values_EU_2L_1.csv qui ressemble a ca:
colonne1 colonne2 colonne 3
valeurs t valeurs r valeurs m
10 200 2
15 150 3
..... ..... .....

Ensuite, j'utilise le programme ms pour calculer des statistiques et j'obtiens le fichier Outputemp_S_A_EU.csv qui ressemble a ca:

colonne
2
5
6
......

Le probleme que j'ai se situe apres, je voudrais savoir le nombre de valeurs superieur a la valeur m qui se trouve dans la 3em colonne de mon fichier "values_EU_2L_1.csv"
Par example, pour la 1er ligne, j'ai ma liste de valeurs calculees pour les parametres 10 et 100 et je voudrais savoir combien de valeurs dans cette liste (donc dans le fichier temporaire) sont superieur a 2.
A la fin je voudrais un fichier avec pour chaque ligne de parametres du fichier "values_EU_2L_1.csv", le nombre de valeurs superieur au m correspondant a la meme ligne.

je pense que cette partie du script est fausse,

Code :

cat Outputemp_S_A_EU.csv | if $m > Outputemp_S_A_EU.csv
echo "nombre de valeurs" >> Output_S_A_EU.csv

Pourriez-vous m'aider avec le script?
Merci.

J'espere avoir ete assez claire.

Myriam

Message édité par cmyriam le 16-03-2016 à 14:06:27

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Marsh Posté le 11-03-2016 à 16:31:21

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Marsh Posté le 15-03-2016 à 17:22:11

Bonjour,

J'ai essaye de resoudre mon probleme et j'ai cree 2 scripts: 1 en bash et l'autre avec R.

Cependant les 2 ne fonctionnnent toujours pas:

Voila le premier en R:

Code :

#!/usr/bin/Rscript
data_csv <- read.table("data.csv",sep=",",header=F) # data.csv = values_EU_2L_1.csv
counter_values<-c()
for(i in 1:dim(data_csv)[1])
{
counter <-0
system(paste("./ms 12 100 -t ",data_csv[i,1]," -eN 0.022 0.72 -eN 0.15 0.06 -eN 0.18 0.59 -r ",data_csv[i,2]," 1000 | ./sample_stats | cut -f 4 > Output_temp.csv",sep="" ))
data_temp <- read.table("Output_temp.csv",sep=",",header=F)
for(j in 1: dim(data_temp)[1])
{
if(data_csv[i,3]>data_temp[j,1])
counter <- counter+1
}
counter_values <- c(counter_values,counter)
system("rm Output_temp.csv" )
}
write.table(counter_values,"counter_file.txt" )

Le probleme est que lorsque je veux le lancer avec qsub, j'ai le message d'erreur:
Syntax error: “(” unexpected

Je n'arrive pas a trouver quel est l'erreur dans mon script.

Quand au script en bash, le voila:

Code :

#!/bin/bash
file="counter_file.txt"
cat data.csv | while IFS=',' read t r m
do
./ms 12 100 -t ${t} -eN 0.022 0.72 -eN 0.15 0.06 -eN 0.18 0.59 -r ${r} 1000 | ./sample_stats | cut -f 4 > Output_temp.csv
counter=0
cat Output_temp.csv | while read temp
do
if [ "${m}" \> "${temp}" ]; then
counter=$((counter+1));
fi
done
echo " $counter"
rm Output_temp.csv
done

La encore, le fichier a la fin ne me donne que 0 et non les valeurs que je veux.
Si quelqu'un pouvait m'aider, ca serait vraiment super.

Merci d'avance,
Myriam

Message édité par cmyriam le 15-03-2016 à 17:23:24

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Marsh Posté le 29-03-2016 à 06:31:27

salut,

je ne vais pas pouvoir t'aider pour le script en R.

pour le script bash, deux choses (au moins) :
1- un pipe crée un sous-interpréteur.
tout comme un script, les variables qui y sont assignées n'existent pas dans l'environnement parent.
un fichier se lit, en shell, sans cat, en redirigeant le contenu du fichier vers la commande read, ainsi :

Code :

while read line; do echo "$line"; done < fichier

2- il existe des opérateurs arithmétiques pour les tests (voir : help test); > est un opérateur de comparaison pour les textes.

les fichiers temporaires sont à éviter : ils ralentissent énormément les scripts.
combien de lignes comporte Output_temp.csv ?

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