Bonjour!
 
Comme toute newb qui se respecte, voici la question bête du jour:
Quel langage dois-je utiliser selon ce que je veux faire?
 
(la réponse attendue n'est pas "et qu'est-ce que tu veux faire au juste"  (car la réponse serait longue)mais genre une petite liste (si possible et si ca embête pas trop bien entendu) qui dit quel genre de choses on peut faire à partir de tel ou tel language, sinon j'aurais plus de questions nulles après ;P)
 
Voilà!
 
Ps: désolée si le topic est pas trop à se place, mais j'en ai pas trouvé un qui ressemblait

Si c'est pour diriger une tortue, le langage adapté est le logo.

Il sera sans doute plus court que tu expliques ce que tu veux faire et qu'on te dise quels langages sont adaptés plutôt que de te lister tous les langages et leurs affinités ...

pour partir en Chine, c'est le mandarin

Bof, le cantonnais est plus répandu
 
Edit : ortho

 
Second degré ?

mdr
je me demandais quand ça allait commencer à troller sur ce sujet

Supair topic du vendredi !

OK j'abandonne
Je voudrais créer un programme qui me permette de travailler avec des séquences d'ADN (pour faire simple).
 
En décomposant, une partie du truc (la plus simple)serait de pouvoir travailler avec des chaînes de caractères  (longueur inconnue): compter le nombre des caractères, compter le nombre de chaque caractère (ATGC en l'occurence), le pourcentage de GC, le Tm de la séquence( formule simple Tm=2(A+T)+4(G+C)).
 
Ensuite et par exemple, il faudrait pouvoir rechercher la séquence en question dans une séquence plus grande (à importer aussi, dans un certain format), pouvoir calculer le pourcentage de structuration, etc.
 
bien sur, il faut que je puisse présenter tout ça de façon agréable, mais on verra après.
 
Je sais pas si ca va vous aider,mais bon.

Traiter des chaînes de caractères de façon simple et rapide, avec des recherches ?
 
Je pense que le PERL serait pas mal. C'est un langage de script assez facile d'accès, et très puissant dès qu'on en vient aux chaînes de caractères.
 
Documentation et outils sur : http://www.perl.org  
Le site est en anglais, je crois qu'il y a des miroirs en français si jamais cela t'est nécessaire (google devrait te trouver ça).
Pour les modules : http://www.cpam.org (PERL s'appuie sur de très nombreux modules pour étoffer le langage... de base tu n'en auras peut-être pas besoin, mais au cas où...)

Et ça iraaussi pour associer les chaînes de caractères à des infromations chiffrées?

Oui

Pour ce genre de chose tu peux commencer a regarder du coté de Perl (tres adapté aux traitements de chaines de caracteres et aux recherches de motifs).
 
Tu dois pouvoir trouver des cours et tuto sur google (en bioinformatique)
 
edit : grillaid  

 
Il y a un type de données en PERL, les tables de hâchages, qui sont des tableaux associatifs clef=>valeurs.  
Comme c'est un type de base, ça se gère très bien.
 
 
Sinon tu peux aussi faire un tour sur http://www.developpez.net
De nombreux cours et tutoriels y sont présents, et sur le forum PERL il y a quelques adeptes du PERL appliqué à la bioinformatique qui aiment bien aider

Thanks!

Tres bonne intro a Perl redigée par un de mes profs (et parue dans linux magazine) :
 
 http://sylvain.lhullier.org/publications/perl.html

Heu...ca marche sous windows? (ils ont pas linux au labo)

Oui

ui ui (mais bon le perl sous linux c est quand meme plus de bonheur )

 
Niveau outils il faut juste un éditeur de texte (avec reconnaissance syntaxique, c'est mieux), et l'interpréteur PERL (dispo sur perl.org).
C'est tout.  
 
A partir de là, je ne vois pas pourquoi c'est "mieux" sous Linux que sous Windows, c'est la même chose (je ne défends aucun des deux OS, je suis juste réaliste).

 
Juste parceque sur n importe quelle distrib grand public t as deja l interpreteur perl et un bel emacs deja installés.
Et que a la limite autant bosser sur du libre pour ce genre de projet.
 
That's all    

Pour ce type d'appli (séquençage), je sais que Perl et Ocaml sont utilisés.

J'ai jamais aimé emacs faut dire. Sinon ça prend 5min d'installer gvim sur Windows
 
Et il me semble que sur certaines distrib', vaut mieux dégager le package livré de base pour mettre un interpréteur PERL qui-va-bien, certains packages étant... bizarres (j'en sais rien, j'bosse sous solaris )

Et si t'es feignant tu récupères ActivePerl pour te simplifier encore le boulot  

   
 
Super  
Installer un interpréteur pour un langage moderne sous Windows ça prend à peu près autant de temps que récupérer une version récente de celui ci sur la distro de ton choix (au lieu de t'en taper une avec X mois de retard ), c'est à dire le temps du téléchargement et de lancer l'installation  

Oui oui Masklinn il faut la toute derniere release de Perl et d'Emacs pour programmer des scripts de traitement de chaines de caracteres  (et puis bon apt get va plus vite que le gestionnaire de telechargement windows hein ).
 
Ah oui, et un OS a 150€ qui a 5 ans de retard aussi en effet c est mieux pour coder sur un langage de ce genre    
 
je ne suis pas PRO linux mais de la a etre PRO Windows pour du dev de ce type .....

SUPAÏR §§    
 
UN DEBAT LINUX/WINDOWS §§§§    
 
 
Si la version de PERL n'a pas énormément d'importance (je bosse sur une... 5.005 ), l'OS ici n'en a pas beaucoup plus. Windows ou unixoïdes c'est la même chose, faut être borné pour affirmer le contraire.

mais on s'en fout de l'OS
Tant qu'il puisse faire son truc
- edit : grilled -

Ca peut effectivement être le cas si des améliorations ou des nouveaux types sont apparus. Je ne fais personnellement pas de Perl, mais en Python entre la 2.1 ou la 2.2 et la 2.4 des changements drastiques ont été apportés avec des nouveaux types&modules extrèmement intéressants  

Le mec dit qu'il n'a que des posts Windows à sa disposition, tu lui dit qu'il est "mieux" d'utiliser linux pour coder en perl, c'est faux  
 
Je n'ai jamais dit que windows était mieux, j'ai dit qu'il était équivalent  

Ouah, installation sans me gourer... (chacun ses objectifs,on ne se moque pas ...bon ok mais pas trop alors)
déjà une autre question bête (mais bête alors..):c'est quoi command prompt?

 
La ligne de commande.
 
Menu démarrer => tous les programmes => accessoires => invite de commande

en fait c'est comme  ouvrir un terminal sous linux?

Ok Masklinn je prend note de tes arguments, stoppons ce sterile débat et esperons que notre amis reussisse a arriver a ses fins

 
Oui .... mais en moins bien    
 
Ok j'arrete. Oui ca te permet de faire des choses en ligne de commande voila tout  

encore question bête: on s'en sert pareil? genre pour se déplacer de répertoire en répertoire...

oui le cd marche pareil , mais ce n est plus "ls" mais "dir" .. enfin le mieux est de tapper HELP tu aura la liste des commandes

grossièrement, oui, tu fais toujours "cd rep" pour te déplacer, par contre, pour changer de lecteur, il suffit de faire "d:" pour aller sur D, par exemple
 
Edit : à moitié grillaid

 
Juste a moitié alors ca va   , remarque interessante concernant les lecteurs en effet    

De retour pour de nouvelles questions bêtes (vous dites si vous en avez marre, j'irai à la BU sciences pour trouver un manuel)
 
-comment on crée un  fichier .pl ? (c'est dit nullepart dans les tutoriaux que j'ai lu)
 
-comment on va dans le répertoire supérieur quand on est dans la ligne de commande?
 

 
-comment on crée un  fichier .pl ? -> moi pas comprendre    , ben ca se crée comme n importe quel autre fichier , dedans c est du texte, rien d autre.
 
-comment on va dans le répertoire supérieur quand on est dans la ligne de commande? -> cd ..