Pour réaliser une petite présentation toute simple (entête , menu à gauche , contenu), j'ai dû mettre en place ces quelques lignes pour que la présentation soit compatible entre IE ,Opera et Firefox mais je me demande si il n'y a pas une solution plus adapté car il me semblait que CSS aurait dû m'éviter ce genre de désagréements .  
 

Le CSS est très puissant pour ca, ce n'est pas normal que tu dois pondre ce code.
Donc à mon avis tu devrais revoir le CSS.
 
Revois également le design de ton site, peut-être que cela est dû à ca.
 
Tiens nous au courant

Les commentaires conditionels pour fournir des CSS spécifiques à Internet Explorer, qui a souvent un comportement différent de celui des autres navigateurs

 
Est-ce que tu pourrais me fournir juste un exemple de commentaires conditionnels ?  
 
Je suis reparti de zero est c'est encore pire qu'avant ...

Je te souhaite bien du courage en tout cas pour gérer un site 100% compatible IE avec du code propre.
 
Pour ton margin, à la limite, si t'es pas à une ou deux lignes dégueulasses pour que ton site soit compatible IE, tu peux ajouter un _ devant :  

 
N'importe quel navigateur qui respecte à peu près les standards ne lira pas cette instruction considérée à juste titre comme invalide, mais IE la lira quand même.
 
Par contre, avec ça, ta feuille CSS ne sera plus considérée comme valide selon les standards du W3C. :-/
 
 
Edit : Je viens de voir ce qu'étaient les commentaires conditionnels, solution nettement plus propre que la mienne. Pour plus d'infos : http://forum.alsacreations.com/faq/#item53

<!--[if IE lt 7]> 
    Seuls les Internet Explorer en dessous de la version 7 
    lisent le HTML placé ici 
<![endif]-->

 
Pour plus d'infos sur le sujet
http://msdn.microsoft.com/workshop [...] nt_ovw.asp
http://www.quirksmode.org/css/condcom.html

y'a aussi la directive !important
ex :  
margin-top: 1em !important;   /* 1em pour Firefox */
margin-top: 2em;                 /* 2 em pour IE */

Ca c'est un hack, donc une mauvaise idée parce qu'on ne connait pas nécessairemet les réactions futures à ce truc.
 
Les CC ne sont pas un hack